Trung tâm Quản lý bay Đà Nẵng, đơn vị tiền thân của Công ty Quản lý bay miền Trung ngày nay được thành lập ngày 09/6/1993 theo Quyết định số 479/QĐ-TCCBLĐ của Cục trưởng Cục Hàng không dân dụng Việt Nam và chính thức đi vào hoạt động theo mô hình tổ chức mới từ ngày 01/7/1993, các giai đoạn hình thành, phát triển:
Năm 1993: thực hiện sự chuyển đổi tổ chức theo chủ trương của Bộ Giao thông vận tải, ngày 09/6/1993 Cục trưởng Cục Hàng không Dân dụng Việt Nam đã ký ban hành Quyết định số 479/QĐ-TCCBLĐ về việc thành lập Trung tâm Quản lý bay Đà Nẵng trực thuộc Trung tâm Quản lý bay Dân dụng Việt Nam (đơn vị sự nghiệp có thu). Ngày 01/7/1993 Trung tâm Quản lý bay Đà Nẵng chính thức đi vào hoạt động, tổ chức gồm 04 ban: Ban Không lưu, Ban Thông tin, Ban Dẫn đường giám sát, Ban Nghiệp vụ với 42 CBCNV. Chức năng, nhiệm vụ chính của Trung tâm là cung ứng dịch vụ, điều hành bay tại sân bay Đà Nẵng và vùng trời tiếp cận được giao.
- Ngày 14/6/1993 Cục Hàng không Dân dụng Việt Nam ban hành Quyết định số 519/CAAV về việc chuyển giao công tác kiểm soát đường dài (cơ quan kiểm soát tiếp cận) Cụm cảng hàng không sân bay miền Trung về Trung tâm quản lý bay Dân dụng Việt Nam.
- Ngày 28/3/1997 Cục Hàng không Dân dụng Việt Nam ban hành Quyết định số 544/CAAV về việc bàn giao nhiệm vụ, tài sản, con người của các bộ phận quản lý bay tại các sân bay miền Trung về trực thuộc Trung tâm Quản lý bay Dân dụng Việt Nam. Trung tâm Quản lý bay Đà Nẵng là đơn vị thành viên của Trung tâm Quản lý bay Dân dụng Việt Nam đã tiếp nhận nhiệm vụ, tài sản, con người và chính thức điều hành từ ngày 1/6/1997.
Năm 1998, cơ chế tổ chức quản lý trong ngành hàng không tiếp tục có sự đổi mới. Ngày 24/01/1998, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 15-1998/QĐTTg về chuyển Trung tâm Quản lý bay dân dụng Việt Nam thành doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích (đây là sự thay đổi cơ chế quản lý rất cơ bản đối với Trung tâm Quản lý bay chuyển thành doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích). Thực hiện chuyển đổi cơ chế tổ chức quản lý trong ngành hàng không thành doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích, ngày 05/6/1998 Cục trưởng Cục Hàng không dân dụng Việt Nam đã ký ban hành Quyết định số 775/1998/QĐ-CHK về việc chuyển Trung tâm Quản lý bay Đà Nẵng thành Trung tâm Quản lý bay miền Trung.
Năm 2008, thực hiện chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước về sắp xếp, đổi mới, phát triển doanh nghiệp nhà nước ngày 19/6/2008, Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải ký quyết định số 1789/QĐ-BGTVT về việc thành lập Tổng công ty Bảo đảm hoạt động bay Việt Nam. Thực hiện chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước về sắp xếp, đổi mới, phát triển doanh nghiệp nhà nước. Ngày 26/2/2009, Chủ tịch HĐTV Tổng công ty Bảo đảm hoạt động bay Việt Nam ban hành Quyết định 415/QĐ-HĐTV về thành lập Công ty Bảo đảm hoạt động bay miền Trung thuộc Tổng công ty Bảo đảm hoạt động bay Việt Nam.
Năm 2010: Tiếp tục thực hiện chủ trương đổi mới các doanh nghiệp Nhà nước, ngày 25/6/2010, Bộ Giao thông Vận tải ban hành Quyết định số 1754/QĐ-BGTVT về đổi tên Tổng công ty Bảo đảm hoạt động bay Việt Nam thành Công ty mẹ – Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam, trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải, do Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ, tổ chức và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp. Đây là một sự chuyển biến mạnh mẽ, tạo đà cho chiến lược phát triển của Tổng công ty. Chuyển đổi sang mô hình mới với phạm vi hoạt động kinh doanh mở rộng bao gồm cả trong và ngoài nước. Thực hiện chủ trương đổi mới các doanh nghiệp Nhà nước ngày 22/9/2010, Chủ tịch HĐTV Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam ban hành Quyết định số 50/QĐ-HĐTV ngày 22/9/2010 về việc Thành lập Công ty Quản lý bay miền Trung.